De Havenkerk zelf wordt helemaal gerestaureerd, en de Stichting tot Restauratie en Instandhouding (SRI) van de kerk aan de Lange Haven heeft nu besloten ook het orgel grondig aan te pakken. Het instrument wordt momenteel gedemonteerd en overgebracht naar de werkplaats van Pels & Van Leeuwen Kerkorgelbouw in ’s-Hertogenbosch. Adviseur is Jos Laus. Ook de Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed is bij het project betrokken.

Orgelmakerij Maarschalkerweerd & Zoon (Utrecht) bouwde in 1875 een nieuw mechanisch orgel (twee klavieren, 29 stemmen) voor de rooms-katholieke parochiekerk Sint Johannes de Doper, nu bekend als de Havenkerk, aan de Lange Haven in Schiedam.

In 1885, 1930 en 1953 kreeg het orgel flinke onderhoudsbeurten. Toen in 1967 het kerkgebouw werd gesloten voor de eredienst, raakte het orgel in onbruik. Ook de Johan Maasbach Wereldzending, die tussen 1975 en 2010 de kerk gebruikte, maakte geen gebruik van het orgel. Doordat de elektrotechnicus en amateurorgelbouwer H. Rosbeek uit Dordrecht het orgel in 1976 en 1982 herstelde, bleef het orgel gelukkig bewaard. Tijdens de Schiedamse Orgelwandeling op Open Monumentendag 2013 is onder grote belangstelling het instrument voor het laatst bespeeld door Arjen Leistra, organist van de Grote Kerk in Schiedam.

Sinds de Johan Maasbach Wereldzending in 2010 de Havenkerk verliet, is het gebouw eigendom van de SRI. Het rijksmonument wordt in afwachting van een nieuwe bestemming door de stichting gerestaureerd. De cascorestauratie (exterieur) kwam in 2012 gereed. In 2014 starten de werkzaamheden aan het interieur, waaronder de orgelrestauratie. De restauratie wordt mogelijk gemaakt met subsidies en bijdragen van het Rijk, de provincie Zuid-Holland, de gemeente Schiedam en het Fonds Schiedam Vlaardingen e.o.

Het restauratieplan van het orgel behelst onder andere een algehele schoonmaak, restauratie en waar nodig reconstructieve werkzaamheden en herstel van windladen, mechaniek, windvoorziening en pijpwerk. Naar verwachting zullen de werkzaamheden in 2015 worden afgerond.