Gijsen werd in 1972 tot bisschop van Roermond benoemd. Zeer tegen de gewoonte in werd hij niet gewijd in de Limburgse bisschopsstad, maar in de Sint Pieter in Rome. De emeritus bisschop trok al snel zijn eigen plan. Hij ontsloeg de naaste medewerkers van zijn voorganger Moors en richtte in Rolduc (Kerkrade) zijn eigen priesterseminarie op. Het seminarie werd vaak geassocieerd met geslotenheid en behoudzucht.

In januari 1993 nam Gijsen om gezondheidsredenen ontslag. Hij had enkele jaren daarvoor na tussenkomst van de pauselijke vertegenwoordiger in Nederland een deel van zijn bevoegdheden aan nieuw benoemde vicarissen moeten afstaan. Er was onder meer gebleken dat de priesteropleiding in Rolduc een voedingsbodem voor homoseksuele relaties was geworden. Beschuldigingen van betrokkenheid bij en/of kennis van seksueel misbruik binnen de katholieke kerk achtervolgden Gijsen in de laatste jaren van zijn leven.

Hij werd beticht van gluren, maar hij zou ook in bed zijn gestapt bij leerlingen op Rolduc. De klachtencommissie van de Rooms-Katholieke Kerk oordeelde over de eerste aanklacht dat Gijsen eind jaren 50 „onbetamelijk gehandeld” had en de privacy van een oud-leerling aldaar „op grove wijze” had geschonden. Er was formeel geen sprake van seksueel misbruik, maar hij was wel over de schreef gegaan, concludeerde de commissie.

Na zijn ontslag in 1993 trok Gijsen zich terug in een klooster in Oostenrijk, en werd hij 3 jaar later bisschop van IJsland. In Reykjavik hield hij het 12 jaar uit. Ook daar wordt zijn naam in verband gebracht met onoorbare praktijken.

Een IJslandse commissie die onderzoek deed naar seksueel misbruik in de katholieke kerk, stelde vorig jaar nog dat de bisschop nalatig was geweest. Hij zou een brief hebben vernietigd van een man die schreef dat hij misbruikt was door een priester.

De kerkhistoricus Gijsen kwam in de jaren 70 en 80 geregeld in het nieuws met zijn onomwonden standpunten over zaken als abortus, euthanasie en het katholieke onderwijs. Joannes Baptist Matthijs Gijsen werd in 1932 geboren in het Noord-Brabantse Oeffelt. Toen Gijsen 24 jaar oud was, werd hij tot priester gewijd voor het bisdom Roermond. 2 jaar werkte hij als kapelaan in Valkenburg. Hij studeerde kerkgeschiedenis in Tilburg, maar ook aan de universiteit van Bonn.

De huidige aartsbisschop Wim Eijk komt uit de ‘stal’ van Gijsen.