Dat melden scriba André Flikweert en predikant ds. P. de Graaf van de kerk. Al in 1958 werd door het Nationaal Rampenfonds aan de Deense orgelbouwer Marcussen de opdracht gegeven om een nieuw orgel te bouwen voor zowel de Gasthuiskerk als de rooms-katholieke Willibrorduskerk in Zierikzee. De plaatselijke orgelcommissie was namelijk geïmponeerd door het orgel dat Marcussen bouwde voor de Nicolaikerk in Utrecht.

Beide orgels werden op dinsdag 14 april 1964 formeel overgedragen door de directeur van het Nationaal Rampenfonds en in gebruik genomen met een bespeling door Lambert Erné.

Het orgel van de Gasthuiskerk telt negentien registers verdeeld over hoofdwerk, rugwerk en pedaal. De vaste organisten zijn Kees Fierloos (sinds 1972) en Mar van der Veer (sinds 1982).

Tijdens de dienst zondagmorgen (die om 9.30 uur begint) wordt het orgel bespeeld door Jan van Dijk te Barendrecht, die in de jaren 1972 tot 1982 organist was van de Gasthuiskerk en sindsdien organist is van de Open Hofkerk te Rotterdam-Zuid. Hij brengt onder meer werk van Johann Sebastian Bach ten gehore, waaronder het orgelkoraal ”O mensch, bewein dein Sünde gross” uit de Matthäus Passion en het orgelkoraal ”Christus, der uns selig macht” uit de Johannes Passion.