In grote lijnen hebben deze drie groepen dezelfde bezwaren tegen de nieuwe kerkorde. Verschil van mening is er echter over de vraag wat te doen staat als de verenigde kerk een feit is. De Gereformeerde Bond zegt de Hervormde Kerk niet te willen verlaten, ook niet als deze opgaat in de PKN. De Bond wil de (gereformeerde) waarheid blijven verbreiden en verdedigen, ook binnen de nieuwe verenigde kerk. Buiten de PKN blijven, ziet de Gereformeerde Bond als afscheiding.

Het Comité en het Gekrookte Riet beschouwen juist de PKN als een afscheidingsbeweging. Net als de Gereformeerde Bond zeggen ook zij de Hervormde Kerk niet te willen verlaten. Voor Comité en Gekrookte Riet betekent dit echter dat ze op dezelfde grondslag willen blijven staan als de huidige Nederlandse Hervormde Kerk, ook als de fusie een feit wordt. Over de vraag of dit mogelijk is, bestaat veel verschil van mening. Het Comité en het Gekrookte Riet willen in ieder geval beslist niet vallen onder de kerkorde van de PKN.Deze verschillende visies op de kerk (ecclesiologie) geven onder hervormd-gereformeerden in de Hervormde Kerk de nodige verdeeldheid; hoe eensgezind ze ook zijn in hun afwijzing van de kerkfusie.

Ook binnen de Gereformeerde Kerken zijn leden die niet enthousiast zijn over de toekomstige verenigde kerk. Zij zijn met name te vinden in het Confessioneel Gereformeerd Beraad. Ook zij hebben bezwaren tegen het plurale karakter van de nieuwe kerkorde. Dat op termijn plaatselijke gereformeerde kerken hun zelfstandigheid gaan verliezen, weegt hen zwaar. De structuur van de PKN zal namelijk in grote lijnen dezelfde zijn als die van de Hervormde Kerk.