Wagner behoort tot de zogenaamde tweede generatie van de Rote Armee Fraktion. Hij is voor meerdere moorden veroordeeld, al is nooit bewezen dat hij zelf de trekker heeft overgehaald. Voor de rechtbank betoonde hij zich echter een enthousiast pleibezorger van de gewapende strijd van de RAF. Tijdens een rechtszitting in 1985 karakteriseerde de rechter hem als een ‘fanatieke zware crimineel die wordt bewogen door een elitaire zendingsdrang’.

Wagner werd in 1979 in Z_rich gearresteerd, kort nadat de toenmalige RAF–top een overval had gepleegd op de Zwitserse Volksbank. Op de vlucht hadden zijn medeplichtigen een vrouw doodgeschoten en drie mensen verwond. Toch werd ook Wagner aangeklaagd wegens moord en in 1980 tot levenslang veroordeeld. In 1982 leverde Zwitserland hem uit aan Duitsland. Daar kreeg hij vijf jaar later opnieuw levenslang, ditmaal voor de moord, in 1977, op de Duitse werkgeversvoorzitter Hanns–Martin Schleyer en vier andere personen. Hoewel niet kon worden bewezen dat hij geschoten had, konden de ontvoering van en de moord op Schleyer hem volgens de rechter volledig worden aangerekend met oog op het collectieve optreden van de RAF.

In 1993 kreeg Wagner nog eens twaalf jaar voor de mislukte bomaanslag op NAVO–bevelhebber Alexander Haig in 1979. Deze straf werd inbegrepen bij het eerder uitgesproken vonnis van levenslang.

Met 24 jaar heeft Wagner van alle RAF–leden het langst vastgezeten. Naar verluidt heeft hij president Rau twee jaar geleden ook al om gratie verzocht.