Het aftreden heeft volgens het ministerie niets te maken met de documenten die via de Amerikaanse klokkenluider Edward Snowden de afgelopen maanden werden gepubliceerd. Daaruit bleek onder meer dat de GCHQ en de Amerikaanse geheime dienst NSA een groot aantal politieke leiders en goede doelen hebben bespioneerd. Lobban (53) leidt de dienst sinds juli 2008.

Het ministerie zegt dat Lobban zijn functie op uitnemende wijze heeft vervuld. De GCHQ-topman trad weinig naar buiten. Een van die zeldzame keren was in november toen hij een commissie van het Lagerhuis voorhield dat het uitlekken van de documenten schade had toegebracht aan de strijd tegen het terrorisme.