De protestantse gemeente Rhenen staat voor grote uitgaven, zoals de restauratie van de glas-in-loodramen en de vervanging van het leien dak. Twee jaar geleden zijn de glas-in-lood ramen aan de zuidzijde gerestaureerd. In 2014 worden de overige ramen gerestaureerd, samen met de eerste fase van het dak.

Onlangs is de vloer geëgaliseerd om struikelpartijen te voorkomen en meer goed bruikbaar vloeroppervlak te realiseren.

In 2014 hoopt het college te kunnen starten met een aanbouw voor nieuwe toiletten, garderobe en een gelijkvloerse ingang voor minder validen. Tevens wordt dan in het zuidertransept een uitgiftepunt voor de catering gerealiseerd. In een volgende fase wordt gekeken of het huidige bankenplan aangepast moet worden en of de banken grotendeels vervangen worden door stoelen.

Het college wil bij de aanpassingen inspelen op de „missionaire en diaconale” taken van de kerk. Ook willen de kerkrentmeesters de kerk verhuren voor bijeenkomsten „in het verlengde van de kerkelijke activiteiten. Daarbij valt te denken aan concerten, conferenties, lezingen, diploma-uitreikingen, exposities etcetera.” Bij beslissingen over de verhuur zijn ook de kerkenraden van de protestantse gemeente betrokken.

Op dit moment zijn de totale kosten van de Cunerakerk zo’n 65.000 euro per jaar. De huuropbrengsten zijn ongeveer 20.000 euro per jaar.

Het college van kerkrentmeesters is vanaf begin 2010 bezig geweest met planvorming, overleg en onderzoek, in samenwerking met architect Van Hoogevest uit Amersfoort, de gemeente Rhenen en de Rijksdienst voor Cultureel Erfgoed.