Holder pleitte in 2009 voor een gang naar de civiele rechter voor hoofdverdachte Khalid Sheikh Mohammed, die wordt gezien als het meesterbrein, en vier andere vermeende beramers. In plaats daarvan wachten de vijf mannen nog steeds op hun proces voor een militaire commissie op de Amerikaanse basis Guantanamo Bay op Cuba. De militaire aanklagers hopen dat het proces in januari 2015 begint, maar een datum is nog niet geprikt.

De mannen worden ervan verdacht dat zij de kapers van de vliegtuigen hebben opgeleid en gefinancierd. De terroristen vlogen met deze vliegtuigen tegen het Pentagon in Washington en het World Trade Center in New York aan, waardoor bijna 3000 mensen om het leven kwamen.

Internationaal bestaat veel kritiek op de lange tijd dat de Amerikanen verdachten vasthouden op Cuba zonder dat er een rechter aan te pas komt. De regering van president Barack Obama wilde een civiele zaak, maar zag hiervan af vanwege fel verzet van onder anderen de New Yorkse burgemeester Michael Bloomberg. Hij vreesde dat de halve stad om veiligheidsredenen afgesloten moest worden en dat dit 200 miljoen dollar per jaar zou kosten. Holder noemde die angst overdreven.