In die hoedanigheid bezocht hij huiskamerbijeenkomsten met Mohammed B., de moordenaar van Theo van Gogh. De politie arresteerde A. in 2005 op verdenking van het beramen van aanslagen, samen met andere leden van de Hofstadgroep. Zijn doelen zouden onder meer Nederlandse politici, de Tweede Kamer, het toenmalige gebouw van geheime dienst AIVD en de kerncentrale in Borsele zijn.

Bij de doorzoeking van zijn woning werd een afscheidsvideo gevonden. Daarop gaf Samir A. aan dat hij een aanslag had gepleegd. Het gerechtshof in Amsterdam veroordeelde hem uiteindelijk in oktober 2008 tot 9 jaar cel voor het beramen van terroristische aanslagen. Volgens de rechters had Samir een organisatorische rol in de Hofstadgroep.

Het Openbaar Ministerie had voor het hof 15 jaar gevangenisstraf geëist. De straf viel uiteindelijk lager uit, omdat Samir A. al geruime tijd in de terroristenafdeling van de gevangenis in Vught zat opgesloten.

In september werd hij in zijn cel aangehouden, omdat hij een aanslag zou voorbereiden. Het OM besloot enkele maanden geleden niet tot vervolging over te gaan.

A. haalde vorig jaar opnieuw het nieuws omdat hij op verlof wilde om zijn studie bedrijfskunde af te maken. Hij kreeg nul op het rekest van staatssecretaris Fred Teeven. Een van de redenen voor de weigering was dat A. opnieuw was aangehouden.