Het Openbaar Ministerie (OM) had een gevangenisstraf van 5,5 jaar tegen hem geëist. Van den Nieuwenhuijzen was de spil in het Havenschandaal in Rotterdam, samen met de ex-directeur van het toen nog gemeentelijk havenbedrijf, Willem Scholten.

Volgens de rechters kocht Van den Nieuwenhuijzen Scholten om, waarna de zakenman van Scholten bankgaranties kreeg voor leningen ter waarde van tientallen miljoenen. Van den Nieuwenhuijzen gaf Scholten in 2001 en 2002 een appartement in Antwerpen in gebruik, zonder daar huur voor te vragen. Ook stortte hij in totaal 1,2 miljoen euro op een geheime Zwitserse rekening van Scholten.

In 2004 kwam de constructie van de twee aan het licht, toen banken een beroep deden op de garanties en de gemeente Rotterdam aanspraken. Het bleek dat de gemeente van niks wist en dat Scholten als ambtenaar dit soort afspraken nooit op eigen houtje had mogen maken.

De rechtbank sprak Van den Nieuwenhuijzen vrij van het opmaken van valse raamovereenkomsten. Omdat hij meer dan 5 jaar op zijn strafzaak moest wachten, trokken de rechters 6 maanden van zijn straf af.

Van den Nieuwenhuijzen noemde het vonnis van de rechtbank „buitengewoon teleurstellend en volstrekt onjuist”. Hij stelde ook dat hij Scholten nooit heeft omgekocht en dat Scholten zich nooit omgekocht heeft gevoeld. Van den Nieuwenhuijzen vindt zichzelf geen crimineel, geeft nog steeds adviezen aan bedrijven in moeilijkheden en is niet van plan een dag in de gevangenis door te brengen.

Het OM is tevreden met het vonnis. Maar het is nog niet duidelijk of justitie in hoger beroep gaat.

Scholten werd eerder veroordeeld, maar ging in die zaak in hoger beroep. Daarin is nog geen uitspraak gedaan. Een advocaat die betrokken zou zijn geweest bij het opmaken van valse documenten, werd in hoger beroep vrijgesproken. In deze zaak stapte justitie naar de Hoge Raad.