Stanisic en zijn medeverdachte Franko Simatovic zijn aangeklaagd voor misdaden waarvoor ook Milosevic terechtstond, voor hij in 2006 tijdens zijn marathonproces overleed. Zij zouden samen de „etnische zuiveringen” mede hebben georganiseerd in Kroatië en Bosnië van 1991 tot 1995. Etnische Kroaten en moslims werden daarvan het slachtoffer.

Er waren toen veel partijen in het strijdgewoel: het door Serviërs gedomineerde Joegoslavische Volksleger onder Milosevic en de legers van nieuwe onafhankelijke landen Kroatië en Bosnië. Ook deden er groepen gewapende mannen mee die zeiden zich verbonden te voelen aan criminelen zoals Arkan en politici zoals Seselj. Tevens waren er speciale eenheden die onder de Servische overheid vielen, zoals de Rode Baretten en de Schorpioenen. Stanisic en Simatovic zouden de strijdende partijen die in de buurlanden aan de Servische kant streden, mede hebben aangestuurd vanuit Belgrado.

Zo hebben Stanisic en Simatovic volgens de tenlastelegging in 1995 de speciale DB-eenheid Schorpioenen naar Bosnië gestuurd. Die deden mee aan de executie van moslimmannen en -jongens na de val van Srebrenica.

De VN-aanklagers hebben levenslang geëist tegen het tweetal, wegens onder meer moord, etnische vervolging en deportatie. Stanisic en Simatovic zeggen onschuldig te zijn. Stanisic zegt dat hij juist initiatieven heeft genomen voor vrede in ex-Joegoslavië. Simatovic ziet zichzelf als iemand die laag stond in de hiërarchie.