Kroaten en moslims raakten tijdens de oorlog in een bloedig conflict dat in 1993 zijn hoogtepunt bereikte. Beelden gingen rond de wereld van de beroemde Ottomaanse brug in Mostar die in puin werd geschoten. In Ahmici werden meer dan 100 moslimdorpelingen gedood en de moskee werd verwoest.

Het proces tegen Prlic en vijf medeverdachten was een van de langste in de geschiedenis van het Joegoslavië-Tribunaal. Het duurde van april 2006 tot maart 2011. De Franse VN-rechter Jean-Claude Antonetti heeft vervolgens meer dan twee jaar aan het vonnis geschreven.

De aanklacht luidt onder meer moord, verkrachting, deportatie, etnische vervolging en het terroriseren van de burgerbevolking. Er zou sprake zijn geweest van een samen met de Kroatische president Franjo Tudjman beraamd plan om Herceg-Bosna aan te sluiten bij Kroatië.

De aanklagers hebben celstraffen tot 40 jaar geëist. Alle zes verdachten, die vrijwillig naar Den Haag zijn gekomen, zeggen onschuldig te zijn. Tot de medeverdachten van Prlic behoren voormalige kopstukken van de HVO, het leger van Herceg-Bosna, zoals Slobodan Praljak.

De oorlog tussen Bosnische Kroaten en Bosnische moslims werd onder druk van de Amerikaanse president Bill Clinton beëindigd. Beide bevolkingsgroepen leven sindsdien wat ongemakkelijk samen in de moslim-Kroatische federatie. Die werd volgens het vredesakkoord van Dayton een van de entiteiten waaruit Bosnië-Herzegovina bestaat, naast de Republika Srpska van de etnische Serven.