1996: De gekkekoeienziekte bse blijkt gevaarlijk voor mensen. Het nuttigen van besmette runderorganen veroorzaakt de dodelijke hersenziekte Creutzfeldt-Jakob. Bse blijkt wijdverspreid onder Britse runderen, omdat kadavers van zieke runderen zijn verwerkt in veevoer. In de navolgende jaren verbiedt de overheid deze verwerking steeds verdergaand.

1997: In februari breekt varkenspest uit in de Peel, het hart van de Nederlandse varkenshouderij. Het besmettelijke virus verspreidt zich snel door Zuid-Nederland. Binnen een jaar raken varkens op 429 Nederlandse boerderijen besmet. De dieren worden geruimd. Om verspreiding van het virus te voorkomen vernietigt de overheid van nog eens 1286 bedrijven de varkensstapel. In totaal 1,8 miljoen dieren worden afgemaakt. Vele boeren mogen ondertussen geen varkens afvoeren. De beesten worden te zwaar en baren overbodige biggen. De overheid koopt 8,1 miljoen overbodige biggen en te zware varkens. De biggen worden doodgespoten, wat tot veel commotie leidt. De bestrijding kost ruim 1,3 miljard euro, wat grotendeels wordt betaald door de Europese Commissie.

1999: Het Belgische bedrijf Verkest vermengt afgewerkte motorolie in vet voor veevoer. Belgische kippen krijgen daardoor te veel kankerverwekkende dioxine in hun vlees en eieren. Tegen de tijd dat het schandaal aan het licht komt, is het materiaal al verwerkt in producten. Nederlandse supermarkten moeten honderden soorten producten uit de schappen terughalen. De late reactie kost in België ministers de kop. In Nederland komt staatssecretaris Faber (Landbouw) weg met een standje van de Tweede Kamer.

2001: Het virus mond- en klauwzeer woedt massaal in het Verenigd Koninkrijk en springt in februari en maart via Frankrijk over naar de Veluwe en Friesland. In Nederland raken dieren op 26 bedrijven besmet. Om het zeer besmettelijke virus te bestrijden, ruimt de overheid 265.000 dieren op ruim 2600 omliggende veehouderijen. Export van landbouwproducten is lange tijd niet mogelijk.

2002: Het Belgische bedrijf Bioland mengt Iers farmaceutisch afval in veevoer. Daardoor krijgen varkens het hormoon mpa binnen en worden ze tijdelijk onvruchtbaar. Mpa is niet gevaarlijk voor de volksgezondheid, maar voor de zekerheid worden minstens 20.000 besmette varkens vernietigd. Minister Veerman (Landbouw) schat de kosten voor Nederland op ruim 100 miljoen euro.

2003: In Duitsland wordt te veel dioxine ontdekt in een grondstof voor veevoer. Het bedrijf heeft ook aan Nederland geleverd. Nog onzeker is of hier ook te veel dioxine in zit. Uit voorzorg verbiedt het ministerie 243 veebedrijven om dieren aan slachterijen te leveren.

2003: Eind februari vinden boeren in en rond Barneveld abnormaal veel dode kippen in hun stallen. Het blijkt te gaan om aviaire influenza, oftewel klassieke vogelpest. Het ministerie van Landbouw stelt een vervoersverbod voor pluimvee in en besluit tot het ruimen van pluimveebedrijven in de directe omgeving van besmettingshaarden. De ziekte verspreidt zich naar Zeeland, Noord-Brabant en Limburg. Begin juli staan 1300 pluimveebedrijven leeg, het aantal kippen in Nederland is in enkele maanden teruggelopen van 90 miljoen naar 40 miljoen. Eind augustus verklaart minister Veerman Nederland vogelpestvrij. De crisis kostte de pluimveesector ongeveer 2,5 miljard euro aan omzet en een half miljard winst.

2003: Medio oktober wordt op een kalkoenhouderij in het Midden-Limburgse Leveroy en een bedrijf in Zeeland de besmettelijke ziekte blackhead geconstateerd. Bestrijding van de ”zwartekoppenziekte” stuit op bezwaren van Brussel, omdat het te gebruiken medicijn mogelijk kankerverwekkend is voor mensen. Blackhead wordt veroorzaakt door een eencellig organisme, dat voorkomt in eitjes van een spoelworm. Deze eitjes kwamen waarschijnlijk in de stallen van de kalkoenenhouders terecht via de zogeheten verklikkippen, die na de vogelpest werden uitgezet om te controleren of die ziekte nog aanwezig was.