Kooijmans was namens de ARP staatssecretaris van Buitenlandse Zaken (1973-1977) in het kabinet-Den Uyl. Later werd hij, inmiddels voor het CDA, minister van hetzelfde departement in het kabinet-Lubbers III (1993-1994). Na zijn ministerschap was hij onder meer nog rechter aan het Internationaal Gerechtshof. Hij was sinds 2007 minister van Staat.

Een van de laatste keren dat hij zich actief met de politiek bemoeide was na de verkiezingen van 2010 toen het CDA samen met de VVD een gedoogconstructie aanging met de PVV van Geert Wilders. Kooijmans vond dat het CDA dat niet moest doen. Hij noemde het onacceptabel.

Politiek was voor hem toch vooral bijzaak. Zijn focus lag op zijn wetenschappelijke carrière. Toen hij in 1993 werd gevraagd voor het ministerschap, wilde hij eigenlijk niet, maar deed het toch. „Ik ambieerde deze post ook niet”, zei hij destijds.