Hij leidde het Haagse korps van september 1997 tot augustus 2003. De vier jaren ervoor was Wiarda korpschef in Utrecht. Vanwege zijn rol in de zogeheten IRT-affaire ging hij daar echter weg op aandrang van toenmalig minister Hans Dijkstal van Binnenlandse Zaken.

De IRT-zaak ontstond in 1993 toen politie en justitie in Amsterdam het interregionaal rechercheteam Noord-Holland/Utrecht opbliezen, omdat het team gebruikmaakte van een omstreden opsporingsmethode. Politie en justitie lieten partijen softdrugs door om zo de top van criminele organisaties in kaart te kunnen brengen. Wiarda beschuldigde het Amsterdamse korps van corruptie. Zijn overstap naar Den Haag leidde tot enige beroering omdat hij wel in Den Haag wilde werken, maar in Bilthoven bleef wonen.

Volgens de huidige politiechef in Den Haag, Henk van Essen, was Wiarda een politieman in hart en nieren. „Jan Wiarda was inspirerend, gedreven en een visionair. Hij was een krachtige persoonlijkheid, die als korpschef de blik sterk naar buiten had gericht. Hij stimuleerde de samenwerking met partners, waarbij hij de burger als de belangrijkste partner beschouwde”, aldus Van Essen.

Na zijn tijd in Den Haag leidde Wiarda nog twee jaar de politietaken die het toenmalige Nederlandse voorzitterschap van de Europese Unie met zich meebrachten.

Wiarda, boerenzoon uit het Friese Wymbritseradeel, begon zijn loopbaan in 1962 als inspecteur bij de verkeerspolitie van Utrecht. Vervolgens bekleedde hij diverse functies bij de verkeerspolitie en werd hij districtschef. Tussendoor voltooide hij zijn studie rechten. Hij was ook vier jaar hoofd beveiliging van de Nederlandse Middenstandsbank (NMB).