Ngudjolo was aangeklaagd wegens vermeende betrokkenheid bij het bloedbad in het Oost-Congolese dorp Bogoro in 2003. Daar werden zo’n 200 dorpelingen afgeslacht. In het dorp woonden vooral etnische Hema’s. Die waren verwikkeld in een stammenstrijd met de Lendu’s en de Ngiti’s.

De rechters hebben geen enkele twijfel dat er verschrikkelijke misdaden zijn gepleegd in Bogoro. Zij achten echter niet boven redelijke twijfel bewezen dat Ngudjolo daar een leidende rol bij heeft gespeeld, zoals ICC-hoofdaanklaagster Fatou Bensouda stelt. Er waren problemen met de geloofwaardigheid van haar getuigen.

Ngudjolo is ook vrijgesproken op alle andere punten van de aanklacht. De tenlastelegging luidt misdaden tegen de mensheid en oorlogsmisdaden, zoals moord, verkrachting, seksuele slavernij, het inzetten van kindsoldaten, het aanvallen van de burgerbevolking en vernieling.

In het Bogoro-proces, dat in november 2009 begon, stond Ngudjolo terecht samen met zijn medeverdachte Germain Katanga. Om procedurele redenen doet het hof in zijn zaak pas in 2013 uitspraak.

Toenmalig hoofdaanklager Luis Moreno Ocampo schetste bij het begin van het proces een gruwelijk beeld van de gebeurtenissen in Bogoro. Lendu-milities vielen het dorp aan met automatische wapens, kapmessen en speren. Veel dorpelingen werden doodgeschoten, sommigen in hun slaap, anderen met kapmessen in stukken gehakt „om te bezuinigen op kogels”. Ook zijn dorpelingen levend verbrand in hun huizen. Velen zijn op de vlucht gedood. Na de urenlange slachtpartij werden vrouwen meegenomen als seksslaven.

De Ngudjolo-zaak is de tweede waarin het ICC uitspraak doet. Eerder dit jaar werd Thomas Lubanga veroordeeld voor het inzetten van kindsoldaten.