Het meer is een belangrijk natuurgebied voor tal van vogels en andere dieren, maar telt ook een aantal vaargeulen voor de binnenvaart. Door de aanwijzing zouden er geen binnenvaartschepen meer mogen varen, zo vreesde Schuttevaer. Dat zal niet alleen leiden tot extra kosten voor de schippers, maar ook is het milieu niet gediend met langere vaarroutes, stelde de belangenvereniging eerder.

De Raad van State wees de bezwaren van Schuttevaer af, omdat economische argumenten geen rol spelen bij het aanwijzen van een Natura 2000-gebied. Samen met de provincie Friesland kan wel een beheerplan worden vastgesteld, waarin schepen het Sneekermeer mogen blijven doorkruisen. „Maar dan moeten er nog een aantal stappen worden genomen. Daarvoor geldt een andere procedure”, aldus een woordvoerster van de Raad van State.