Het WMCN vervangt het aloude Infocentrum Binnenvaart van Rijkswaterstaat. Dat centrum was vooral bekend door „de actuele waterstanden van hedenmorgen”, die elke dag werden voorgelezen op de radio. De komst van internet en elektronisch dataverkeer heeft dat allemaal veranderd, maar het WMCN verzorgt nog steeds de dagelijkse waterberichten uit het stroomgebied van de grote rivieren voor alle binnenvaart.

Het centrum verzorgt daarnaast gegevens voor waterbeheerders over hoog- en laagwater, ijsvorming, storm, droogte en andere omstandigheden die de veiligheid van Nederlanders achter de dijken in gevaar kunnen brengen. Ook wil het centrum een platform zijn voor alle nieuwe technologieën en ontwikkelingen op watergebied. Daarin speelt Nederland een rol als koploper.

Een deel van het WMCN wordt ingericht als bezoekerscentrum.