Deze twee toetsen bevatten volgens het Arnhemse instituut dezelfde taken, in dezelfde volgorde, met hetzelfde aantal opgaven. Het grootste deel van de opgaven in de toetsen is echter verschillend: de vragen in de Eindtoets Basis zijn gemiddeld wat moeilijker dan die in de Eindtoets Niveau. ”Basis” is dan ook bestemd voor leerlingen van wie wordt verwacht dat ze doorstromen naar de gemengde/theoretische leerweg van het vmbo of naar havo of vwo.

Cito splitst de toets in twee niveaus om beter bij de vaardigheden van de leerlingen aan te sluiten, zodat de uitslag betrouwbaarder wordt. Daarnaast is het voor de kinderen prettiger om een toets te maken die niet veel te moeilijk of veel te gemakkelijk is. Beide toetsen kunnen gelijktijdig worden afgenomen.