Kuipers verbleef van 23 december tot 1 juli in het internationale ruimtestation ISS. Geen Europeaan was ooit zo lang aan een stuk in de ruimte. Hij deed er tientallen wetenschappelijke experimenten. Zo keek hij naar zijn energieverbruik, maakte hij echo’s van zijn bloedvaten en hart, en foto’s van zijn netvlies. Zo kunnen wetenschappers ontdekken wat langdurige gewichtloosheid doet met een lichaam. Voor het publiek deelde hij foto’s via Twitter en beschreef hij zijn ervaringen op zijn weblog.

Op 20 juli keerde Kuipers onder grote publieke belangstelling terug in Nederland. Hij werd als een held onthaald op Schiphol. Op 30 augustus was zijn officiële ontvangst, op de boulevard van Noordwijk.

Kuipers was in 2004 anderhalve week in de ruimte. Na die missie werd hij benoemd tot Officier in de Orde van Oranje Nassau.