Mei 1712 werd het huidige orgel van de Westzijderkerk in gebruik genomen. Het orgel was in feite een ingrijpend verbouwde versie van een ouder orgel uit 1655 van de hand van Johannes Hoffman. Dat orgel werd in 1711 van de zuidmuur naar de westmuur verplaatst. De verplaatsing/verbouwing werd uitgevoerd door Johannes Duyschot.

In de loop der jaren is er een aantal grote aanpassingen aan het orgel geweest. De eerste in 1844 door de firma Flaes & Brünjes. In 1897 voerde orgelmaker Steenkuijl een grondige reparatie uit waarbij het orgel onder andere elektro-pneumatisch werd gemaakt en een romantische klank kreeg.

Het huidige orgel is het resultaat van een grondige restauratie in de periode 1969-1975 door de firma Flentrop in Zaandam. Daarbij is het orgel zoveel mogelijk teruggebracht in de oorspronkelijke staat volgens de opvattingen van de Hollandse orgelbouwers van omstreeks 1700. Het front van het orgel en de pijpen erin zijn van Duyschot. Wat achter het front verscholen zit, is voor het overgrote deel van later datum en het resultaat van de steeds veranderende inzichten, smaak en technieken. Het tweeklaviers orgel telt 21 stemmen.

In de jaren voor 1940 begon de Zaandammer Jan Zwart een concerttraditie in de Westzijderkerk. Toen hij in 1937 overleed, werd hij opgevolgd door Cor Kee, die vlak bij de kerk woonde. Ook deze gaf in de zomermaanden orgelconcerten.

Organist Jan de Jong van de Westzijderkerk geeft zaterdag 29 september om 16.00 uur een concert ter gelegenheid van het orgeljubileum. Medewerking verleent het Westzijderkerkkoor onder leiding van Chris Helfensteijn. Op het programma staan werken van Böhm, Pachelbel, Guilain, Rouwkema, Jan Zwart, Klaas Bolt, Whitlock en Bach.