Brussel ziet mogelijk problemen als de twee samengaan, omdat veel van de routes uit Ierland naar met name Europa alleen door deze twee luchtvaartmaatschappijen worden aangeboden. Het wegvallen van een maatschappij is dan ongunstig voor concurrentie en mogelijk prijs. De commissie heeft tot 14 januari 2013 de tijd om te bepalen of de zorgen over de fusie gegrond zijn.

Ryanair bracht onlangs een bod uit van 694 miljoen euro op zijn rivaal. Het bestuur van Aer Lingus blijft zich echter fel tegen de overnamepoging verzetten. Ryanair deed in 2006 en 2009 al overnamepogingen, maar stuitte toen ook al op de Brusselse autoriteiten. Deze keer wil de prijsvechter naar eigen zeggen met oplossingen komen die de zorgen over concurrentie problemen kunnen wegnemen.