De ex-agent, Dmitri Pavljoetsjenkov, werd bijna een jaar geleden al opgepakt. Hij wordt ervan beschuldigd de moord te hebben georganiseerd. Pavljoetsjenkov zou de bewegingen van Politkovskaja maandenlang in beeld hebben gebracht om zo de moordenaars van de journaliste te helpen.

Politkovskaja schreef voor de krant Novaja Gazeta kritische artikelen over het beleid van de toenmalige en huidige president Vladimir Poetin. Novaja Gazeta zegt dat de moord in opdracht van de Tsjetsjeense president Ramzan Kadirov is uitgevoerd. Kadirov wordt gesteund door het Kremlin. Politkovskaja deed onderzoek naar de martelingen onder zijn bewind.

Volgens de Onderzoekscommissie, het hoogste onderzoeksorgaan in Rusland, is er echter nog steeds geen duidelijk beeld over de opdrachtgever. Mensenrechtengroepen zeggen dat de staat hooggeplaatste functionarissen beschermt die bij de moord betrokken waren.