Aan het begin van het millennium doet het Meldpunt Kinderporno aangifte tegen de vereniging, omdat zij op de website een link had gezet die zou doorverwijzen naar kinderporno. Het meldpunt noemt de site een „platform van digitale kinderlokkerij”. Politie en justitie onderzoeken de site, maar dit leidt niet tot concrete actie.

In 2001 en 2003 wil Martijn meedoen aan Roze Zaterdag, in onder meer Rotterdam. De organisatie verbiedt Martijn mee te doen aan de informatiemarkt van het homofestijn. In 2003 neemt het actiecomité Stop Martijn zich voor de club via de rechter te laten verbieden. Martijn blijft niettemin bestaan.

In 2007 veroorzaakt Martijn een fikse rel, door foto’s van kinderen van de koninklijke familie op de website publiceren. Prins Willem-Alexander, prinses Máxima, prins Maurits en prinses Marilène spannen een kort geding aan. De rechter stelt hen in het gelijk. De website brengt de kinderen „in verband met pedofiele wensen en gedragingen”, zo stelt de rechter onder meer.

In 2010 begint justitie een onderzoek naar Martijn. Dit vormt de opmaat naar de latere rechtszaak, waarin het Openbaar Ministerie de vereniging wil laten verbieden. Rumoer rond Martijn uit diverse hoeken vormt de aanleiding voor het onderzoek, waaronder een aangifte wegens het via de website uitwisselen van kinderporno en het begin van een strafzaak tegen verenigingsvoorzitter Ad van den Berg.

In maart 2011 wordt hij opgepakt wegens het bezit van een grote hoeveelheid kinderpornografie. De rechtbank veroordeelt hem, het hoger beroep loopt nog.

In 2011 concludeert justitie dat het de vereniging niet kan vervolgen, verbieden of laten ontbinden. Een beklagprocedure bij het hof in Leeuwarden leidt niet tot een bevel tot vervolging. CDA en de ChristenUnie kondigen een wetsvoorstel aan om pedofielenclubs te verbieden. Gelijktijdig maakt het OM bekend dat het de civiele rechter zal vragen Martijn verboden te verklaren en te ontbinden. Dat doet de rechter, op 27 juni 2012.