De overblijfselen, waaronder een stuk van een schedel en een kies, werden in juli 2010 gevonden in een sarcofaag in een middeleeuws kerkje op het eiland Sveti Ivan (Sint Johannes), vlakbij de stad Sozopol. De stoffelijke resten zijn momenteel te bekijken in een kerk in Sozopol.

Een onderzoeksteam van de Universiteit van Oxford ontdekte met de methode van radiokoolstofdatering dat de botten uit de eerst eeuw stammen. Genonderzoekers van de Universiteit van Kopenhagen vonden de DNA-code van drie botten. Daaruit blijkt dat de botten van een en dezelfde persoon zijn geweest. Waarschijnlijk waren ze van een man afkomstig uit het Midden-Oosten. Of die persoon werkelijk Johannes de Doper is geweest, is een vraag die wellicht nooit beantwoord zal worden, aldus een onderzoeker.

Volgens een archeoloog uit Oxford, die onderzoek heeft gedaan naar het transport van relikwieën in de vijfde en zesde eeuw, is het goed mogelijk dat de overblijfselen op het eilandje voor de kust van Bulgarije zijn terechtgekomen.