Ex-Sovjetleider Michail Gorbatsjov richtte de krant in 1993 op. Hij gebruikte daarvoor het geld dat hij in 1990 ontving als winnaar van de Nobelprijs voor de Vrede. Na zich lange tijd niet met de krant te hebben bemoeid, nam hij in 2006 samen met zakenman en oligarch Aleksandr Lebedev een aandeel van 49 procent in de krant, om de redactionele onafhankelijkheid van het blad te waarborgen.

Dat was nodig, want Rusland kent geen echte persvrijheid. De huidige president, Vladimir Poetin, die deze week aan zijn derde termijn begon, is een bekend tegenstander van persvrijheid. Tijdens zijn eerste twee termijnen van 2000 tot 2008, pakte hij de onafhankelijke media hard aan.

Voornamelijk journalisten die aandacht besteden aan het conflict in Tsjetsjenië, zijn hun leven niet zeker. Het meest bekend werd Anna Politovskaya, vooraanstaand verslaggever bij Novaya Gazeta. Zij werd in 2006 doodgeschoten. Volgens sommigen kwam dat omdat ze kritisch over de gewelddadigheden in Tsjetsjenië schreef. Nog drie andere kritische journalisten van Novaya Gazeta verloren op gewelddadige wijze het leven.

De krant ontving in 2007 en 2010 prijzen voor de inzet voor de vrijheid van meningsuiting. Met de Karelsmedaille wordt aan dit rijtje een derde prijs toegevoegd.