Zijn kandidatuur was lang omstreden. Miljoenen Turken waren de straat opgegaan om te protesteren. Ze waren bang dat Gül als president een einde zou maken aan de strikte scheiding tussen moskee en staat.

Als kersverse president moest Gül (62) het leger ervan overtuigen dat hij het seculiere karakter van de staat niet wilde aantasten. De top van de strijdkrachten dreigde dat het leger zou ingrijpen, als de seculiere republiek in gevaar zou komen. De AKP werd sterk gewantrouwd door de seculiere partijen, omdat die partij het land zou willen islamiseren. De hoogste Turkse aanklager probeerde in 2008 nog om een verbod van de AKP voor elkaar te krijgen.

De oppositie had ook bezwaar tegen het hoofddoekje dat Güls vrouw draagt. Voor de seculiere elite is de hoofddoek het symbool van de politieke islam. Met zijn vrouw voerde Gül lange tijd actie tegen het verbod op het dragen van een hoofddoekje. De oppositie wees er ook op dat Gül eerder lid was van twee streng islamitische partijen, die werden verboden. Zij waarschuwde dan ook dat Gül een wolf in schaapskleren was. Maar de westers georiënteerde Gül sprak de aantijgingen in alle toonaarden tegen en zei zijn banden met de politieke islam te hebben verbroken.

Gül kwam in 2002 internationaal in de schijnwerpers te staan, toen de AKP onder leiding van Recep Tayyip Erdogan de verkiezingen won. Hij is, na Erdogan, de tweede man binnen de partij. In 2002 en 2003 was Gül korte tijd premier, omdat Erdogan niet aan de verkiezingen mocht meedoen. Als premier zorgde Gül voor een grondwetswijziging waardoor de weg werd vrijgemaakt voor de AKP-leider.

Van 2003 tot 2007 was Gül minister van Buitenlandse Zaken. In deze functie zorgde hij er onder meer voor dat Ankara de toetredingsgesprekken met de EU kon beginnen. De kwestie-Cyprus vormt echter een enorme hindernis voor de gesprekken en Gül is er niet in geslaagd dat probleem uit de wereld te helpen.