De oud-ambassadeur overleed in het ziekenhuis waar hij sinds eind februari was opgenomen wegens kortademigheid. Hij had al twee hartbypassoperaties ondergaan.

Habibie was van 1993 tot en met 1997 ambassadeur van Indonesië in Engeland. In 2006 kreeg hij de voor Jakarta belangrijkste diplomatieke post, die in Den Haag. Zijn ambassadeurschap duurde vier jaar. Begin dit jaar werd hij opgevolgd door Retno L.P. Marsudi, de eerste vrouwelijke ambassadeur van Indonesië.

Junus Effendi Habibie wekte twee jaar geleden de woede van PVV-voorman Geert Wilders. In een vraaggesprek met Het Financieele Dagblad had de ambassadeur onder meer gezegd dat PVV-stemmers ’misschien last hebben van een angstpsychose’. Habbibie nam die woorden terug, maar bleef kritisch over de PVV.

Habibie was de broer van Jusuf Habibie, de derde president van Indonesië tussen 1998 en 1999.