De problemen die PKN-directeur Haaije Feenstra landelijk tegenkwam, waren heel divers. „Dat varieert van een folder die te groot was voor de envelop, en de opmaak van een brief die niet klopte, tot enkele gemeenten waar de bestellingen laat of onvolledig werden afgeleverd.” Daarnaast bleek dat er nog vragen zijn over de werking van het programma. „Je kunt het vergelijken met de omslag van het computerprogramma WordPerfect naar Word van Microsoft. Daar moet je aan wennen.”

Bij Henk de Koe, voorzitter van de Vereniging voor Kerkrentmeesterlijk Beheer afdeling Friesland, zijn een paar meldingen binnengekomen van gemeenten waar iets niet goed is gegaan met Kerkbalans. „Het grootste probleem zat in Leeuwarden. Daar lijkt de opbrengst drastisch lager omdat veel mensen geen brief hebben ontvangen. Hier en daar horen we vanuit de provincie over kleinere problemen. Overigens zijn er bij iedere actie Kerkbalans wel incidenten.”

Een van de andere knelpunten was dat de bezetting op het landelijk dienstencentrum tussen Kerst en oud en nieuw niet toereikend bleek.