De Fries werd in 1989 in de Tweede Kamer gekozen. Negen jaar lang was hij volksvertegenwoordiger. Hij trad op als financieel woordvoerder. In het tweede ’paarse’ kabinet was hij staatssecretaris van Buitenlandse Handel.

D66-leider Alexander Pechtold zegt dat zijn partij veel te danken heeft aan Ybema. „Gerrit was op financieel-economisch gebied een gezagvol Kamerlid. Het ambt van staatssecretaris was de terechte kroon op zijn politieke carrière.”

Ybema bracht ook wijzigingen van de In- en uitvoerwet en de Wet wapens en munitie tot stand, waardoor controle kwam op doorvoer van wapens.

Ybema was in ’89 door toenmalig D66-leider Hans van Mierlo uit de gemeenteraad in Leeuwarden geplukt om financieel woordvoerder van de Tweede Kamerfractie te worden. Ybema was geen politiek dier, maar jarenlang wel de financieel-economische spil van de D66 fractie.

Na zijn politieke loopbaan keerde Ybema terug naar Friesland waar hij een adviesbureau begon. Hij had een groot netwerk in zijn provincie en was ook lid van de Heeren Zeventien, volgens de Leeuwarder Courant een exclusief gezelschap van invloedrijke mannen in Friesland.

Eind 2009 bleek dat hij de zeldzame ziekte longvlieskanker had, een vorm van kanker die vroeger vooral voorkwam bij mensen die met asbest hadden gewerkt. Snel na de diagnose dat zijn ziekte ongeneeslijk was en een dag voor zijn eerste chemokuur begin 2010, trouwde Ybema met zijn tweede vrouw Jelske, met wie hij al twee kinderen had. Uit zijn eerste huwelijk had Ybema drie kinderen.