Wakker Dier vindt het „van groot belang” dat grondig wordt uitgezocht hoe het kon gebeuren dat het gesponsorde melkonderzoek „zo kon worden verdraaid ten gunste van de sponsor.” De stichting heeft in verband met het onderzoek bij de Reclame Code Commissie al een zaak aangespannen tegen de universiteit. Volgens haar is het onderzoek door de zuivelindustrie gefinancierd en is het daardoor misleidend.

Het gaat Wakker Dier er vooral om dat „aan de kaak wordt gesteld dat wetenschap zich steeds meer opstelt als reclamebureau voor de sponsor” en dat universiteiten hiertegen waarborgen moeten inbouwen.

Over het persbericht waarin stond dat melk goed is tegen hart- en vaatziekten ontstond grote commotie. Een van de auteurs, Walter Willett van de Amerikaanse Harvard-universiteit en eredoctor aan de Wageningen UR eiste dat het persbericht werd ingetrokken, omdat de onderzoeksgegevens extreem verdraaid zouden zijn en de feiten verkeerd zouden zijn weergegeven. Later liet hij die eis varen.

De Stichting Wakker Dier vindt onderzoek nodig naar het wetenschappelijk klimaat binnen Wageningen Universiteit in relatie tot de vele sponsorcontracten die het heeft. „Hoe het kon gebeuren dat het melkonderzoek zo kon worden verdraaid ten gunste van de zuivelindustrie?” De stichting heeft in verband met het onderzoek bij de Reclame Code Commissie al een zaak aangespannen tegen de universiteit.