Na de dood van de stalinist Enver Hoxha in 1985 werd Alia de nieuwe leider van de alleen regerende communistische partij in wat toen nog een van de meest geïsoleerde landen in de wereld was. Alia was de laatste Oost-Europese leider die hervormingen toestond. „Hij wilde nooit de Gorbatsjov van Albanië zijn”, aldus een vroegere politieke bondgenoot.

Hij moest in 1992 opstappen nadat de huidige president Sali Berisha de eerste vrije verkiezingen in Albanië had gewonnen. Daarna werd Alia in diverse processen berecht wegens machtsmisbruik, het deporteren van politieke tegenstanders en de dood van 58 Albanezen die door grenswachten werden doodgeschoten terwijl zij probeerden te vluchten.

In 1997 ontsnapte Alia uit de gevangenis en vluchtte naar Zweden. Op hoge leeftijd mocht hij naar zijn geboorteland terugkeren.