Als SER-voorzitter won hij snel het vertrouwen van de onafhankelijke kroonleden, de vakbonden en de werkgevers. In 2002 wist hij de bonden en de werkgevers achter een nieuwe opzet van de WAO te krijgen, iets wat de politiek in de voorgaande 20 jaar niet was gelukt.

Wijffels studeerde economie en was enkele jaren algemeen secretaris van het werkgeversverbond NCW. In 1981 kwam hij bij de Rabobank en op 44-jarige leeftijd kwam hij aan het hoofd te staan van die bank. Onder zijn leiding viel het besluit een wielerploeg te sponsoren.

Na zijn vertrek bij de SER werd hij executive director bij de Wereldbank in Washington. Sinds 2009 is hij hoogleraar duurzaamheid en maatschappelijke verandering aan de Universiteit Utrecht.