Haqqani, die afkomstig is uit de Afghaanse provincie Paktia, organiseerde vanuit het West-Pakistaanse Waziristan de strijd tegen de Russen in zijn land van herkomst.

Toen de radicaal-islamitische Taliban de macht overnamen in Afghanistan, ontwikkelde Haqqani daar nauwe banden mee. De leden van het netwerk hebben inmiddels hun trouw verklaard aan Mullah Omar, de spiritueel leider van de Taliban.

In 2001, het jaar dat de Amerikanen het Taliban-bewind begonnen te bombarderen, bracht Haqqani nog een officieel bezoek aan de Pakistaanse hoofdstad Islamabad. Hij verdween daar en dook maanden later weer op in Waziristan, waar hij het verzet tegen de westerse interventiemacht in Afghanistan begon te organiseren. Duizenden strijders uit Arabische en andere Aziatische landen sloten zich aan bij de strijd. Bij een vergeefse poging van het Pakistaanse leger om de antiwesterse strijders tegen te houden sneuvelden meer dan 700 militairen. Gebieden in Waziristan waar het Haqqani-netwerk actief is, zijn niet meer in handen van de centrale regering.

Het Haqqani-netwerk brengt strijders naar Afghanistan en helpt bij de financiering van hun aanvallen op westerse doelen en op vertegenwoordigers van president Karzai. De strijd tegen het netwerk is daarom een topprioriteit voor de westerse troepenmacht ISAF en de Afghaanse veiligheidsdiensten.