Op het hoogtepunt van de gewapende strijd in Ulster drong hij met Gerry Adams aan op een politieke strategie. Die leidde tot de oprichting van Sinn Féin, de politieke tak van het Iers Republikeins Leger (IRA), onderhandelingen, akkoorden en uiteindelijk de samenwerking van katholieke republikeinen en protestantse loyalisten in één regering.

McGuinness (1950) is een van de weinige IRA-kopstukken die heeft erkend dat hij actief is geweest voor de gewapende republikeinen. Naar eigen zeggen werd hij republikein toen hij de onderdrukking van de nationalistische beweging en het toenemende geweld in de jaren „60 zag.

Hij sloot zich rond 1970 aan bij de Provisional IRA en werd als 21-jarige de commandant van „Vrij Derby.” McGuinness was al in 1972 een gesprekspartner voor de Britse regering, die de leiding van de Provisional IRA voor geheime gesprekken in Londen uitnodigde. Die mislukten.

Toen McGuinness een jaar later werd gesnapt met een auto vol explosieven en munitie, werd hij veroordeeld tot een half jaar gevangenisstraf. Tegen de rechtbank zei hij: „Ik ben lid van Oglaigh na Eireann (IRA) en daar ben ik heel, heel erg trots op.”

In 1982 zat McGuinness in het Noord-Ierse parlement. Later dat jaar werd hij bestempeld tot persona non grata in Groot-Brittannië wegens terroristische activiteiten.

In de loop van de jaren werd McGuinness bekend als een evenwichtige strateeg. Daardoor werd hij de belangrijkste onderhandelaar voor Sinn Féin tijdens gesprekken die leidden tot het Goede Vrijdag-akkoord in 1997. Daarin stond onder meer dat de staatkundige toekomst van Noord-Ierland bepaald wordt door de meerderheid van de Noord-Ierse bevolking. In hetzelfde jaar werd hij gekozen in het Britse Lagerhuis, maar net als zijn partijgenoten weigerde hij zijn zetel in te nemen.

McGuinness was een van de twee Sinn Féin-ministers in het kabinet dat Noord-Ierland na het Goede Vrijdag-akkoord regeerde. Veel unionisten walgden van de benoeming van een voormalige terrorist tot minister van Onderwijs. Volgens McGuinness waren zijn criticasters bang voor verandering. „Ze zouden het geweldig vinden als de IRA terugkeerde naar de gewapende strijd. Ik ben blij dat we niet in die val zijn gestapt.”

Sinds 2007 is McGuinness vicepremier van Noord-Ierland.