Khan werd zondag vermoord in zijn huis in de hoofdstad Kabul. Een parlementslid uit Uruzgan dat op bezoek was bij Jan Mohammed Khan, Mohammed Hashem Watanwal, werd ook vermoord door de aanvallers. Een politieman en de twee daders kwamen ook om tijdens het vuurgevecht.

Het is de tweede moordaanslag in de entourage van Karzai in enkele dagen tijd. Een halfbroer van de president, de invloedrijke politicus Ahmad Wali Karzai, werd dinsdag in huis vermoord in de zuidelijke stad Kandahar.

Jan Mohammed Khan was een belangrijke vertrouweling van Karzai. Net als Karzai kwam hij uit een invloedrijke familie uit het zuiden van het land. Hij was naast gouverneur ook regeringsadviseur voor stammenkwesties. Zijn optreden gold in Uruzgan echter als zo hardvochtig en corrupt dat de Nederlandse troepen die in 2006 in Uruzgan werden gelegerd, eisten dat hij eerst uit zijn ambt werd gezet. Daarmee verloor hij het gouverneurschap.