Rouvoet en PvdA-leider Wouter Bos traden op verzoek van toenmalig CDA-onderhandelaar Jan Peter Balkenende allebei als vicepremier toe tot het kabinet van de drie partijen. Balkenende werd opnieuw premier.

Rouvoet was tijdens de coalitieonderhandelingen nog van plan in de Tweede Kamer te gaan, maar veranderde van mening. „Het hield ook verband met de verhouding Bos-Balkenende. Die relatie was tijdens de campagne verre van harmonisch. In de loop van de formatie werd dat beter, al zijn het nooit politieke vrienden geworden. Informateur Wijffels zag een taakverdeling, waarbij hij mij zag als bewaker van de kabinetsmissie, omdat ik tussen hen kon bemiddelen.”