Premier Rutte sprak van een „icoon op het terrein van mensenrechten.” PvdA-leider Cohen noemde zijn gestorven partijgenoot „een baken van rechtvaardigheid in en voor de wereld.” En de huidige minister van Buitenlandse Zaken, Rosenthal, sprak van een „autoriteit die boven de partijen stond, maar altijd oog had voor de individuele mens.”

Koningin Beatrix liet weten dat ze met „groot leedwezen” kennis heeft genomen van het overlijden van haar minister van Staat.

Van der Stoel overleed in Den Haag na een kort ziekbed op 86-jarige leeftijd. Zijn loopbaan begon hij in 1953 als medewerker van de Wiardi Beckman Stichting van de PvdA. Zijn laatste functie was deeltijdhoogleraar internationaal en Europees recht aan de Katholieke Universiteit Brabant in Tilburg, van 1 januari 2001 tot 1 januari 2003.

PvdA-Kamerlid en oud-staatssecretaris van Europese Zaken Timmermans, die met Van der Stoel heeft samengewerkt, schreef: „Ik heb nog niemand anders ontmoet die zo consequent het algemeen belang boven zijn eigen belang wist te stellen, voor wie de zaak altijd vooropstond, voor wie alleen het resultaat telde en nooit de schone schijn.”

Timmermans zei dat de Tweede Wereldoorlog Van der Stoel heeft gevormd „tot de compromisloze bestrijder van onrecht die hij later werd.” In zijn „meest vormende jaren” leefde hij in een dictatuur, de Duitse bezetting. „Toen hij eenmaal de vrijheid had geproefd, maakte hij van de bestrijding van dictaturen zijn levensdoel.”