De nationalist Franjo Tudjman riep in 1991 de onafhankelijkheid uit van de Joegoslavische deelrepubliek Kroatië, tegen de zin van de Servische sterke man Slobodan Milosevic in Belgrado en tegen de zin van de honderdduizenden etnische Serven die al eeuwen in Kroatië woonden. Ook waren de Serven niet vergeten dat de door Hitler gesteunde Kroatische regering tijdens de Tweede Wereldoorlog honderdduizenden etnische Serven liet vermoorden. Tudjman gebruikte oude symbolen van dat fascistische bewind, zodat Serven in Kroatië vreesden voor een herhaling van die genocide.

De Serven in Kroatië riepen daarom hun eigen Krajina-republiek uit, die het Tudjman-bewind in Zagreb niet erkende. Na een jarenlange impasse opende het Kroatische leger in 1995 de aanval op de Krajina en veroverde de afvallige republiek. Volgens de aanklagers van het tribunaal werden zeker 350 Serven vermoord, zo’n 200.000 werden verdreven of sloegen op de vlucht. Kroatische militairen trokken in de pas veroverde Krajina van huis tot huis. Servische burgers die weigerden te vertrekken, werden gedood. Bejaarden of gehandicapten die niet konden vluchten, werden levend verbrand in hun huizen.

De moordpartijen waren volgens de aanklagers onderdeel van een crimineel plan om Kroatië etnisch te zuiveren van Serven. Ook Tudjman deed volgens de tenlastelegging aan dat plan mee. Het tribunaal had ook een onderzoek tegen hem lopen, maar Tudjman overleed voordat hij kon worden aangeklaagd, net zoals president Alija Izetbegovic van Bosnië. Milosevic haalde als enige van de drie hoofdrolspelers in de Balkanoorlogen het beklaagdenbankje in Den Haag, maar overleed in 2006 voordat vonnis kon worden gewezen.

Naast Gotovina staan twee medeverdachten terecht voor het VN-hof, de generaals Ivan Cermak (61) en Mladen Markac (56). Het drietal heeft verklaard onschuldig te zijn. De aanklagers eisten een celstraf van 27 jaar tegen Ante Gotovina, 23 jaar tegen Markac en zeventien jaar tegen Cermak.