Perisic wordt door de aanklagers van het internationale Joegoslavië-Tribunaal in Den Haag beschuldigd van misdaden tegen de menselijkheid en oorlogsmisdaden, die zouden zijn gepleegd tijdens het bloedig uiteenvallen van Joegoslavië in de jaren negentig. De 66-jarige Perisic spreekt alle beschuldigingen tegen. Hij heeft zich in 2005 vrijwillig overgegeven aan het tribunaal, een maand nadat hij was aangeklaagd.

Perisic was chef van de generale staf van 1993 tot 1998 en is de hoogste officier van het Joegoslavische leger die door het tribunaal wordt berecht. Perisic was ten tijde van president Slobodan Milosevic (1941-2006) legerleider. De aanklagers stellen dat hij medeverantwoordelijk is voor onder meer de belegering en beschieting van de Bosnische hoofdstad Sarajevo, het bombardement in 1995 van de Kroatische hoofdstad Zagreb en de massaslachtingen rond de Oost-Bosnische plaats Srebrenica.

Perisic is in de rechtszalen van het tribunaal de laatste ‘link’ met Belgrado voor de aanhangers van de stelling dat de machthebbers in de Joegoslavische hoofdstad achter bijvoorbeeld de massamoorden van Srebrenica zaten. Dat is nimmer aangetoond.

In het huidige proces is gesteld dat Perisic voorkennis had van de massamoorden die in juli 1995 rond Srebrenica werden gepleegd. Hij zou betrokken zijn geweest bij de voorbereiding en de uitvoering van die misdaden. Milosevic overleed in 2006 in Scheveningen, tijdens het vijfde jaar van zijn proces. Tot nu toe zijn alleen mensen uit Bosnië-Herzegovina zelf veroordeeld voor hun rol bij de volkenmoord van Srebrenica.