In de jaren zeventig pleegde de MEK aanslagen op Amerikaanse militairen, bedrijven en burgers in Iran. Na de revolutie van 1979 zette de groep haar wapens in tegen het bewind van de ayatollahs. Door haar bomaanslagen kwamen in 1981 zeker zeventig hooggeplaatste Iraanse functionarissen om.

Teheran sloeg keihard terug en de leiding van de MEK vluchtte naar Parijs. Daar moesten ze in 1986 vertrekken waarna ze onderdak kregen in het Irak van Saddam Hussein. In de slepende oorlog tussen Irak en Iran (1980-1988) vocht de MEK aan de zijde van Irak. Dat kostte haar veel steun in Iran.

In de jaren negentig bleef de organisatie aanslagen plegen op Iraanse doelen. In 1997 zetten de Amerikanen de groepering op de lijst van buitenlandse terreurgroepen (in de EU stond ze tot 2009 op de lijst van terroristische organisaties).

Na de Amerikaanse inval in Irak in 2003 gaf de Mudjahedin zich over. Ook leverde ze al haar zware wapens in. Circa 3400 MEK-leden werden in het Camp Ashraf bijeengebracht. Met de val van Saddam Hussein verloor de MEK haar belangrijkste inkomstenbron. Volgens een schatting van het Amerikaanse ministerie van Buitenlandse Zaken telt de MEK tussen vijf- en tienduizend leden.

De Nationale Raad van Verzet van Iran (NCRI) onder leiding van Maryam Rajavi is de politieke façade van de Mudjahedin en is ook in Nederland actief. De NCRI zegt het gewapende verzet enkele jaren geleden te hebben opgegeven en staat bekend om haar public relations.

De NCRI krijgt steun van parlementariërs in onder meer Groot-Brittannië en de VS. In Iran heeft de oppositiebeweging bijna geen aanhang.