Al-Azhar, waartoe onder meer een universiteit behoort, komt twee keer per jaar met het Vaticaan samen. Volgens de instelling heeft de paus steeds weer gezegd dat moslims niet-moslims die met hen in het Midden-Oosten leven, onderdrukken. Eerder deze maand riep de Egyptische regering de ambassadeur bij het Vaticaan terug wegens de uitlatingen van de paus. Die had kort daarvoor de regeringen van islamitische landen opgeroepen de christelijke minderheid in hun land beter te beschermen.

Benedictus reageerde onder meer op de zelfmoordaanslag op een koptische kerk in de Egyptische havenstad Alexandrië. Daardoor kwamen in de oudejaarsnacht 23 christenen om het leven. Tachtig mensen raakten gewond. De paus heeft herhaaldelijk gepleit voor betere bescherming van de christenen in de landen in het Midden-Oosten. In oktober 2010 werd tijdens een bisschoppensynode in het Vaticaan aandacht besteed aan de vaak benarde positie van christenen in landen als Irak en Iran.

De woordvoerder van het Vaticaan liet in een reactie weten dat de leiding van de Rooms-Katholieke Kerk de dialoog met al-Azhar wil voortzetten. Het besluit van al-Azhar zal het beleid van „openheid en een verlangen naar dialoog” met de islam niet veranderen, aldus de woordvoerder. In Egypte is ongeveer 10 procent van de bevolking christen. De kopten zijn de grootste christelijke groep. Bij tijden laaien tussen moslims en christenen conflicten op over kwesties als de bouw van kerken en huwelijken tussen aanhangers van beide godsdiensten.