De 53-jarige Jonathan versloeg bij de partijverkiezingen een kandidaat uit het islamitische noorden. Daarmee geldt hij als favoriet voor de verkiezingen van 9 april, die gezien worden als de belangrijkste in de geschiedenis van het Afrikaanse land met de meeste inwoners.

Het kandidaatschap betekent ook een breuk met de normale gang van zaken binnen de partij van Jonathan. Normaal gesproken wisselen kandidaten uit het islamitische noorden en het christelijke zuiden elkaar om de twee termijnen af.

Jonathan nam sinds februari 2010 als vicepresident het presidentschap waar wegens de ziekte van toenmalig president Umaru Yar’Adua. Hij volgde Yar’Adua op na diens dood op 5 mei.