De regering van de gematigd islamitische AK-Partij van premier Recep Tayyip Erdogan ruziede de laatste tijd met hem over onder meer het dragen van de hoofddoek.

Volgens Bardakoglu is het dragen daarvan voor moslima’s geen religieuze plicht ,maar een persoonlijke beslissing. Bardakoglu was als grootmoefti hoofd van het Directoraat Religieuze Zaken (Diyanet), de overheidsinstelling die belast is met het toezicht op het religieuze leven. De huidige vicevoorzitter van Diyanet, Mehmet Görmez, zou hem opvolgen.