Tijdens zijn staatsbezoek aan Roemenië sprak Peres publiekelijk met geen woord over de essentiële rol die het toenmalige Roemeense pro-nazibewind van maarschalk Ion Antonescu speelde „bij de massamoord op naar schatting 280.000 tot 380.000 Roemeense en Oekraïense Joden tijdens de Holocaust”, aldus het Simon Wiesenthal Center. Tijdens een gezamenlijke persconferentie met de Roemeense president Traian Basescu had Peres donderdag zijn waardering uitgesproken voor Roemenië, dat in de naziperiode „opstond en de levens van vele Joden redde”.

Het Simon Wiesenthal Center toont er begrip voor dat Peres een „positief element probeerde te benadrukken uit de geschiedenis van het Roemeense Jodendom”. Maar het feit dat Peres de „afschuwelijke misdaden” van het Antonescu-bewind niet veroordeelde, „zal waarschijnlijk trieste gevolgen hebben, in het bijzonder in Roemenië en elders in Oost-Europa, waar een groeiende tendens zichtbaar is van het ontkennen of bagatelliseren van de belangrijke rol die lokale nazi-collaborateurs speelden bij de vernietiging van de Joden.”

De afdeling Jeruzalem van het Simon Wiesenthal Center riep Peres op om „zijn betreurenswaardige opmerkingen te corrigeren en verduidelijken”. Roemenië heeft decennialang vastgehouden aan de lezing dat het land niets te maken heeft gehad met de uitvoering van de Holocaust. Onder druk van onder meer Israël en Joodse belangenorganisaties ging uiteindelijk in 2003 een commissie van historici aan de slag om te onderzoeken wat er precies is gebeurd in de Tweede Wereldoorlog. Daaruit bleek dat meer dan 270.000 Roemeense en Oekraïense Joden het leven verloren tussen 1940 en 1944.