De Indonesische autoriteiten en het Westen hebben echter een geheel ander beeld. Hij zat bijna 26 maanden in de gevangenis voor zijn rol bij de terroristische aanslagen in 2002 op het eiland Bali, waarbij meer dan tweehonderd mensen omkwamen, onder wie enkele Nederlanders.

Bashir is van Jemenitische afkomst en werd in 1938 in Jombang in Oost-Java geboren. Hij ontpopte zich al snel als voorvechter van een uiterst strenge opvatting van de islam. Eind jaren zeventig, ten tijde van het bewind-Soeharto in Indonesië, werd Bashir voor opruiing gevangengezet. Hij vluchtte naar Maleisië, waar hij dertien jaar verbleef.

Pas na de val van Soeharto in 1998 keerde hij terug naar de archipel. Met het verdwijnen van de dictator kregen ook tal van schimmige radicale groepen meer ruimte. Bashir ging lesgeven aan een Koranschool, waar veel plegers van aanslagen onder zijn gehoor zaten.

In de tussentijd richtte de moslimgeestelijke volgens de Indonesische justitie met geestverwanten ook Jemaah Islamiyah (JI) op. De groepering streeft naar een islamitische staat die Maleisië, Indonesië, Singapore en het Zuid-Filipijnse eiland Mindanao moet omvatten. Ook zou de JI banden onderhouden met Al Qaida, het terreurnetwerk van Osama bin Laden.

Hard bewijs dat Bashir achter de aanslagen op Bali en later op het Marriott Hotel in Jakarta (2003) zat, is nooit op tafel gekomen. Ook kon volgens rechters niet worden aangetoond dat hij de leider was van JI. Toch werd hij in het voorjaar van 2005 veroordeeld, maar alleen voor zijn betrokkenheid bij een „sinister complot” dat leidde tot de aanslagen op Bali. Het belangrijkste bewijs daarvoor was de getuigenis van een veroordeelde die stelde dat Bashir, toen de daders vertelden dat ze „een programma” op Bali voorbereidden, had gezegd: „Ik laat het aan jullie over”. De prediker kreeg 2,5 jaar cel, waarvan hij 26 maanden uitzat.