De rechters van het in Arusha, Tanzania gevestigde Internationale Tribunaal voor Rwanda (ICTR), veroordeelden hem voor het organiseren van massamoord op Tutsi’s. De oud-bestuurder werd vrijgesproken van andere aanklachten als medeplichtigheid aan genocide en het publiekelijk aanzetten tot genocide.

„Ntawukulilyayo bracht militairen naar de Kabuye-heuvel, zij sloten zich aan bij andere belagers in een zware aanval, waardoor mogelijk duizenden Tutsi’s omkwamen”, aldus het tribunaal. Volgens de aanklagers hadden duizenden gevluchte Tutsi’s zich op de heuvel verzameld omdat de bestuurder hen bescherming en voedsel had beloofd.

De Rwandees zegt zelf onschuldig te zijn. Zijn advocaat gaat in hoger beroep tegen de uitspraak. „Omdat de rechters niet unaniem tot een oordeel kwamen, bestaat er een goede kans dat Ntawukulilyayo in hoger beroep wordt vrijgesproken”, aldus de raadsman.

Ntawukulilyayo werd in december 2007 gearresteerd in de Zuid-Franse stad Carcassonne. Een jaar later werd hij overgeplaatst naar het detentiecentrum in Arusha. Het ICTR vervolgt in deze stad de belangrijkste daders van de volkerenmoord in Rwanda.

In 1994 werden in Rwanda in honderd dagen tijd zeker 800.000 mensen afgeslacht, voornamelijk leden van de minderheid van de Tutsi’s. De massamoorden begonnen onmiddellijk na de nog steeds onopgehelderde moord op de presidenten van Rwanda en Burundi, respectievelijk Juvénal Habyarimana en Cyprien Ntaryamira, beiden Hutu’s.