De inmiddels 54-jarige Gotovina wordt als regionaal commandant medeverantwoordelijk gehouden voor misdaden van ondergeschikten in de zomer van 1995. Het Kroatische leger veroverde toen de afvallige Krajina-republiek. Honderden etnische Serven werden vermoord, ongeveer 200.000 werden verdreven of sloegen op de vlucht.

Kroatische militairen trokken in de pas veroverde Krajina van huis tot huis. Servische burgers die weigerden te vertrekken, werden gedood. Servische bejaarden of gehandicapten die niet konden vluchten, verbrandden levend in hun huis.

Kroatië had zich in 1991 onder zijn nationalistische president Franjo Tudjman onafhankelijk verklaard van Joegoslavië. De etnische Serven in de Krajina wilden niet door Zagreb worden geregeerd, ook met het oog op de genocide die het fascistische Ustasa-bewind in Kroatië tijdens de Tweede Wereldoorlog pleegde op de Serven. De Serven zetten in de Krajina hun eigen afvallige republiek op, de VN hielden vier jaar toezicht op een bestand, totdat Tudjman in 1995 de Krajina liet veroveren, met Gotovina in een leidende rol.

Het proces tegen Gotovina begon in maart 2008. De Nederlandse VN-rechter Alphons Orie zit de rechtszaak voor. Naast Gotovina staan twee medeverdachten terecht, Mladen Markac en Ivan Cermak. Tegen hen eisen de aanklagers respectievelijk 23 en zeventien jaar cel. Het drietal heeft verklaard onschuldig te zijn.

Gotovina, voormalig lid van het Franse Vreemdelingenlegioen, werd na een jarenlange klopjacht in december 2005 in Spanje opgepakt. Toenmalig hoofdaanklaagster Carla Del Ponte had er jarenlang nadrukkelijk op gehamerd dat de belangrijkste voortvluchtige Kroatische verdachte van het tribunaal moest worden opgepakt. Zij kreeg daarbij veel diplomatieke steun van Nederland.

Voor veel nationalistische Kroaten bleef Gotovina hun held: een soort romantische vrijheidsstrijder en sociaal bewogen bandiet van wie de buitenlandse juristen in het verre Den Haag maar af moeten blijven.