De nu opgeheven gemeente ontstond in 1932 als een vrije hervormde gemeente. De gemeente werd door de jaren heen gediend door onder meer ds. J. Keller, ds. T. Wakker, en ds. A. Kot. Tijdens de periode van ds. Kot ging de gemeente over naar de Gereformeerde Gemeenten in Nederland (GGiN). In 1982 voegde IJsselmuiden zich bij de gemeenten die zich in 1980 hadden losgemaakt van de GGiN en de GGiN (buiten verband) vormden.Omdat de laatste predikant van het kerkverband, ds. A. Wink, niet langer in staat was de gemeenten te dienen, keerden in 2008 en 2009 drie van de zeven gemeenten terug naar de binnen verbanders: Nieuwerkerk (Zld.), Middelburg en Gouda. Eerder deze maand gaf de vierde (en grootste) gemeente, Veenendaal, te kennen gebruik te blijven maken van de diensten van ds. A. P. van der Meer, predikant van de oud gereformeerde gemeente (buiten verband) te Sint Philipsland.

De vijfde en zesde gemeente van het kerkverband, Dinteloord en Rijssen, wilden zaterdag niet aangeven welke besluiten er over de toekomst van de gemeente worden genomen.

IJsselmuiden, als zevende gemeente, werd op Tweede Pinksterdag opgeheven. De dienstdoend ouderling las een preek van oefenaar W. van Leeuwen, over Handelingen 20:31a: „Daarom waakt en gedenkt”.

Diaken-scriba Q. Dorst uit IJsselmuiden zegt desgevraagd dat hij verwacht dat de leden zich zullen verspreiden over oud gereformeerde gemeenten en gereformeerde gemeenten in de nabije omgeving, Grafhorst, Kampen en Genemuiden. De waarde van de bezittingen zal worden verdeeld over een aantal goede doelen in de achterban.

De gereformeerde gemeente in Nederland (buiten verband) te IJsselmuiden telde ongeveer 35 leden en doopleden.