Hij wordt aangeklaagd omdat hij zonder geldige jurisdictie een onderzoek heeft ingesteld naar de tienduizenden oorlogsexecuties en de verdwijningen van burgers door de troepen van generaal Francisco Franco tijdens en vlak na de Spaanse Burger­oorlog (1936-1939). Volgens Garzon hebben Franco en de zijnen zich schuldig gemaakt aan misdaden tegen de mensheid. Die misdaden vallen echter sinds 1977 onder een amnestieregeling.Als de 54-jarige Garzon veroordeeld wordt, zal hij tien tot twintig jaar zijn vak niet mogen uitoefenen, wat het einde van zijn carrière zou betekenen. Garzon is ook bekend van zijn aanklachten tegen leden van de Baskische afscheidings­beweging ETA en verdachten van de Argentijnse zogeheten vuile oorlog.

Momenteel doet hij onderzoek naar wandaden in de gevangenis van de Amerikaanse basis Guantanamo Bay in Cuba,